La idea de es crear un ecosistema equilibrado entre peces y plantas, en el que los peces proporcionan nutrientes a las plantas, mientras que los microorganismos que habitan el sistema filtran de forma natural el agua, que vuelve a los peces.
Esto permite cultivar sin la necesidad de un terreno fértil y ahorrar hasta un 95% más de agua. Además, en un sistema aquapónico las plantas crecen con más rapidez y con mayor densidad. Al cultivar sobre tierra, las plantas consumen los nutrientes, lo cual acaba deteriorando el terreno. Sin embargo, en un un sistema aquapónico, el flujo de nutrientes que los peces proporcionan es continuo y es por esto que el crecimiento es más acelerado.
Alimentos provenientes de cultivos aquapónicos tienen otra gran ventaja y es que están completamente libres de pesticidas o cualquier otro producto químico que pudiese resultar tóxico. Si se usase este tipo sustancias, los peces no serían capaces de sobrevivir. Además, crecer sobre agua ofrece una gran protección contra la mayoría de las plagas y malas hierbas que necesitan de suelo para poder extenderse.
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